Según un comunicado, el decreto -cuyo contenido ya había sido filtrado este fin de semana a la prensa- está dirigido a los ministerios de Defensa y de Interior y a la principal agencia de los servicios secretos del país asiático, NDS.
Karzai ha mostrado en varias ocasiones su oposición a los operativos aéreos de la OTAN contra la insurgencia por el riesgo que conllevan para la población civil.
"Es una vergüenza para nosotros que nuestra agencia de espionaje pida apoyo aéreo de extranjeros contra cuatro individuos en nuestro propio territorio", dijo Karzai en una academia militar el pasado domingo, según la agencia local Pajhwok.
La misión de la OTAN en Afganistán, la ISAF, insiste en que las fuerzas aliadas tienen como prioridad la seguridad de los civiles.
"La ISAF está centrada en la seguridad de los afganos e intenta mitigar las bajas civiles", señaló el domingo a Efe un portavoz de la coalición, Günter Katz.
La medida del presidente afgano se produce casi una semana después de que se acusara a la OTAN de la muerte de diez civiles en un operativo en la región oriental de Kunar, aunque el mando internacional ha negado este extremo.
La muerte de civiles es uno de los principales puntos de fricción entre las autoridades afganas y la OTAN, y en 2011 Karzai amenazó con declarar como "invasoras" a las tropas extranjeras si no cesaban los bombardeos aliados contra viviendas civiles.
Según un informe de la ONU publicado hoy, en 2012 fallecieron 2.759 civiles en Afganistán, de los que el 8 por ciento se atribuye a la acciones de la ISAF y a las fuerzas afganas.