Tras la reunión, Harper dijo durante una rueda de prensa conjunta que Canadá no está considerando su participación en "una misión de combate" en Malí pero reiteró su voluntad de ceder de forma indefinida al ejército francés un avión de transporte C-17.
Francia ha utilizado el C-17 canadiense para transportar material y personal militar a Mali desde que las tropas francesas intervinieron en el país africano para detener el avance de las fuerzas islamistas que controlaban el norte de Mali.
"Permanecerá allí mientras consideremos que es necesario" dijo Harper.
En la declaración conjunta que Canadá y Francia firmaron tras la reunión de los dos ministros se señala que los dos países "tienen la intención de continuar contribuyendo como importantes socios al desarrollo a largo plazo de Mali".
Con respecto a Siria, Ottawa y París condenaron "en los términos más fuertes la represión y la espiral de violencia iniciada por el régimen de Bashar al Assad.
Los dos países también expresaron su preocupación por el programa nuclear iraní y la situación de los derechos humanos en el país asiático.
Durante la rueda de prensa, los dos líderes reconocieron que las negociaciones para la firma de un acuerdo de libre comercio entre Canadá y la Unión Europea (UE) están atascadas en temas agrícolas.
Harper dijo que "sigue habiendo algunos asuntos importantes que tienen que resolverse".
El primer ministro canadiense añadió que "obviamente, sólo firmaremos un acuerdo cuando estamos convencidos que tenemos un acuerdo que es global y el mejor para la economía canadiense".
Por su parte, Ayrault explicó que los problemas se centran en el tema agrícola.
"Ustedes están preocupados por la carne de vacuno y porcino y a nosotros nos preocupa los productos avícolas.
Estoy seguro que nos acercaremos a un intercambio justo", dijo.
Los acuerdos firmados por los dos países mejorarán la movilidad laboral de jóvenes estudiantes, la solicitud de prestaciones para las personas que han residido en uno de los dos países y la investigación científica en temas como el cambio climático o los gases con efecto invernadero.