Ronaldinho adelantó a "Gallos Blancos" con un tiro de penal en el minuto 78' y el argentino Emmanuel Villa marcó el segundo tanto para el conjunto emplumado en el minuto 84'.
El Morelia, último en la tabla general, descontó con un tiro de penal de Armando Zamorano en el 82'.
Con la séptima victoria del certamen, el Querétaro figura entre los ocho primeros lugares con 23 puntos y mantiene vivas su esperanza de pasar a la ronda de cuartos de final cuando falta una jornada por disputar.
La Morelia es último entre los 18 clubes con 10 unidades.
Los ocho primeros del torneo Clausura al finalizar las 17 jornadas se clasificarán a los cuartos de final.