El llamado es el aspecto más reciente de una larga disputa diplomática entre Suiza y Libia.
Un portavoz de Naciones Unidas condenó las declaraciones mientras que Francia las tildó de "inaceptables" y urgió a ambos países a resolver sus diferencias.
Gaddafi emitió el ataque verbal durante un discurso para conmemorar el cumpleaños del profeta Mahoma en el que exhortó a los musulmanes a boicotear a Suiza.
"Realicemos una yihad contra Suiza, el sionismo y la agresión extranjera", expresó el mandatario.
Todo musulmán en cualquier parte del mundo que trate con Suiza es un apóstata, va en contra de Mahoma, Dios y el Corán".
Suiza sostuvo un referendo en noviembre pasado donde 57.5 por ciento de los votantes aprobaron una prohibición constitucional a la construcción de las tradicionales torres de las mezquitas.
Disputa diplomática
La corresponsal de la BBC en Ginebra, Imogen Foulkes, dice que la disputa entre los dos países se remonta a 2008 cuando el hijo de Gaddafi, Haníbal y su esposa fueron detenidos en esa ciudad.
Ambos fueron acusados de agredir a dos criados marroquíes durante una estadía en un hotel de lujo, aunque las denuncias fueron retiradas posteriormente.
El gobierno de Trípoli reaccionó cancelando el suministro de petróleo, retirando miles de millones de dólares de cuentas suizas, rechazando visas a los ciudadanos helvéticos y llamando a algunos de sus diplomáticos.
Poco después, las autoridades libias arrestaron a dos empresarios suizos. A uno de ellos se le permitió abandonar el país, pero el segundo fue transferido a una cárcel donde enfrenta una condena de cuatro meses por violaciones migratorias.
Por su parte, Suiza supuestamente incluyó en su "lista negra" a 188 libios, negándoles la entrada al país. Se dice que el veto suizo incluye a Gaddafi y su familia.
En represalia, Libia canceló la emisión de visas a los ciudadanos de varios países europeos, una medida rechazada por la Comisión Europea.
La Cancillería de Suiza no quiso emitir comentarios respecto al más reciente episodio, pero el director general de la misión de la ONU en Ginebra, Sergei Ordzhonikidze, condenó las declaraciones de Gaddafi.
"Ese tipo de declaraciones por parte de un jefe de estado son inadmisibles en el ámbito de las relaciones internacionales", expresó.
El funcionario añadió que las seguridad de la ONU en Suiza es muy profesional y está bien preparada para lidiar con cualquier incidente.