Los principales partidos de la oposición boicotean los comicios que se celebran hasta el miércoles, lo que hace que Al Bashir se enfrente a 15 candidatos de plataformas independientes o cuyos partidos son poco conocidos en el país de 38 millones de habitantes.
Muchos de los 13.3 millones de votantes registrados se sumarán al boicot de las primeras elecciones desde que el país del este de África se separó de Sudán del Sur en 2011.
Unos 70,000 policías han sido desplegados en los casi 7,000 locales electorales instalados a lo largo del territorio para prevenir potenciales disturbios, según el diario local "Sunday Tribune".
Al Bashir, que se hizo con el poder en un golpe incruento en 1989 y ha ganado desde entonces tres elecciones, encabeza uno de los regímenes africanos más represivos. De 71 años, el dirigente ha sido acusado de aprobar leyes para aumentar su poder, ahogar las manifestaciones y detener a sus adversarios.
La Corte Penal Internacional de La Haya emitió una orden de arresto por crímenes de guerra y genocidio contra Al Bashir por el conflicto en la región de Darfur en 2008.
La Unión Europea (UE) alertó de que la votación "no puede arrojar un resultado creíble con legitimidad en todo el país".
Los locales de votación cerrarán a las 18:00 horas (15:00 GMT) del miércoles. El recuento comenzará el jueves pero no se esperan resultados hasta el 27 de abril, según los observadores. (DPA)