También se establece que son de jurisdicción federal las vías generales de comunicación ferroviaria, el servicio público de transporte ferroviario que en ellas opera y sus servicios auxiliares, las denuncias o querellas formuladas por cualquier persona en relación con el servicio público de transporte ferroviario incluyendo sin limitar, el robo de las mercancías transportadas, la infraestructura férrea y sus componentes, así como del combustible de las locomotoras.
Se indica que el Gobierno Federal constituirá un Fondo, que tendrá como objetivo apoyar el financiamiento de la construcción, mantenimiento y operación de la señalización, los sistemas de alerta y de obstrucción de tráfico automotor y peatonal, cuando el tránsito se realice al interior de zonas urbanas o centros de población, de tal manera que se garantice la seguridad conforme a la normatividad aplicable. La Secretaría de Comunicaciones y Transportes (SCT)priorizará y determinará los cruceros que requieran dicha señalización.
Se establece que corresponde a la SCT otorgar las concesiones y permisos a que se refiere la Ley, verificar su cumplimiento y resolver sobre su modificación o terminación.
Entre las atribuciones que corresponderán a la Agencia Reguladora del Transporte Ferroviario se encuentran determinar las características y especificaciones técnicas de las vías férreas, del servicio público de transporte ferroviario y de sus servicios auxiliares, de la infraestructura física de interconexión, la expedición y aplicación de las normas oficiales mexicanas aplicables.
También debe garantizar la interconexión en las vías férreas cuando sean vías generales de comunicación; establecer las condiciones y contraprestaciones cuando los concesionarios no lleguen a un acuerdo en los casos de derechos de arrastre y de paso; establecer bases de regulación tarifaria cuando no existan condiciones de competencia efectiva; integrar el registro de las concesiones y permisos que se otorguen conforme a lo dispuesto en la presente Ley; interpretar esta Ley para efectos administrativos; entre otros.