Además de los dos gigantes, también están implicados Athletic de Bilbao, Osasuna, Valencia, Hércules y Elche, según comunicó el departamento de Competencia de la Comisión Europea.
Las autoridades europeas abrieron tres investigaciones distintas "para comprobar si varias medidas de apoyo público en favor de algunos clubes de fútbol profesional españoles se atienen a las normas comunitarias sobre ayudas estatales".
"A la Comisión le preocupa que estas medidas confieran ventajas significativas a los clubes beneficiarios, en detrimento de aquellos que deben funcionar sin esa ayuda", añadió en un comunicado el departamento que dirige el español Joaquín Almunia.
El comisario justificó la decisión de abrir el expediente alegando que "los clubes de fútbol profesional deben financiar sus costes de funcionamiento y sus inversiones aplicando una buena gestión financiera en lugar de hacerlo con cargo al contribuyente".
"Los Estados miembros y las autoridades públicas deben cumplir las normas de la UE en este ámbito, al igual que en todos los sectores económicos", agregó Almunia.
Según detalló la Comisión en su nota, la investigación tratará de dilucidar en primer lugar si Real Madrid, Barcelona, Athletic y Osasuna gozaron de "privilegios fiscales" al no convertirse en sociedades anónimas en 1990.
"Estos cuatro clubes están exentos de la obligación general de que los clubes de fútbol profesional se transformen en sociedades anónimas deportivas. El efecto de esta exención es que estos clubes disfrutan de un tipo impositivo preferente del 25 por ciento en lugar del 30 por ciento aplicable a las sociedades", advirtió la UE.
Otra investigación se centrará en una permuta de terrenos entre el Real Madrid y el ayuntamiento de la capital española, que según la Comisión resultó "muy ventajosa" para el club blanco.
"Esa permuta se basó en una nueva tasación de un terreno por un valor de 22.7 millones de euros, en lugar de su anterior valor de 595,000 euros tasado en 1998", explicó.
Por último, la Comisión examinará si los avales concedidos por el gobierno regional de la Comunidad Valenciana para préstamos utilizados para financiar a Valencia, Hércules y Elche "cumplieron las normas sobre ayudas estatales de la UE, en un momento en que esos clubes atravesaban aparentemente por dificultades financieras".
Aunque a principio de semana se habló de que también entraría en el expediente, la construcción del nuevo estadio San Mamés del Athletic de Bilbao quedó de momento fuera de la investigación.
El ministro de Economía español, Luis de Guindos, mostró hoy en Bruselas su confianza en alcanzar una "solución adecuada" respecto a la investigación.
"El gobierno español va a proporcionar (...) la información que tenga disponible y en última instancia yo creo que vamos a llegar a una solución adecuada al respecto", dijo De Guindos a su llegada al consejo de ministros de Economía y Finanzas de la UE.