Con el 100 % del voto ya escrutado, Caputová, sin apenas experiencia política, obtuvo el 40.57 % de los apoyos, frente al 18.66 de Sefcovic.
Sefcovic se presenta como independiente pero está apoyado por el SMER, el partido socialdemócrata que lidera el Gobierno.
La participación fue del 48.74 %, cinco puntos superior a la de hace cinco años, pero menos de lo esperado.
"Interpreto estas elecciones como una llamada al cambio", dijo Caputová, que podría convertirse en la primera jefa del Estado en Eslovaquia, en el primer debate con Sefcovic anoche, tras conocerse los primeros resultados.
La abogada participó en 2017 en la creación de "Progresivni Slovensko", una hasta ahora minoritaria formación progresista, que enarbola un ideario de lucha contra la corrupción.
El asesinato en febrero de 2018 de Jan Kuciak, un periodista que investigaba vínculos entre el crimen organizado y la alta política, puso de manifiesto las carencias democráticas, el clientelismo político y los abusos de poder en el país.
El crimen generó la mayor ola de protestas desde la caída de la dictadura comunista en 1989, hasta forzar la dimisión de Robert Fico, entonces primer ministro, y aún hoy líder de SMER.
En su debate con Sefcovic, Caputová le achacó no haber reflexionado lo suficiente sobre lo que ha pasado en Eslovaquia desde el asesinato de Kuciak.
Sefcovic, por su parte, dijo que siente un llamamiento "para que la situación en Eslovaquia se tranquilice y para trabajar juntos por una reconciliación social general".
Además, emplazó a los votantes a considerar las posturas de cada aspirante en temas como los valores tradicionales.
Mientras que el candidato de la socialdemocracia rechaza el matrimonio y la adopción de niños para las parejas homosexuales, Caputová mantiene posturas más abiertas en esos temas, en una sociedad aún bastante conservadora como la eslovaca.
Aunque el jefe del Estado no tiene en Eslovaquia grandes poderes ejecutivos, muchos analistas interpretan que en la elección del presidente puede decidirse entre el continuismo de un sistema dominado durante casi una década por Fico y SMER, o el cambio.
Pese al amplio margen de su victoria en primera vuelta, aún queda todo abierto para la ronda definitiva del 30 de marzo.
En el resultado influirá a quién den su apoyo los otros candidatos que han tenido un significativo respaldo en las urnas.
Especialmente importante será el mensaje de Stefan Harabin, un exministro de Justicia populista, contrario a la inmigración y a una mayor integración en la Unión Europa, que quedó tercero con el 14.34 % de los votos, y Marian Kotleba, líder de una formación de inspiración nazi, que tuvo el 10.34 % de los apoyos.
Tanto Caputová como Sefcovic se mostraron satisfechos de que ninguno de los candidatos ultra haya pasado a la segunda vuelta.
No sería la primera vez que en la segunda vuelta cambia totalmente el resultado de las elecciones: en 2014, Robert Fico la perdió después de haber logrado el triunfo en la primera ronda.