Con un recuento del 63 por ciento de los votos, la oposición conservadora liderada por la Unión Democrática Croata (HDZ) ha ganado con el 32.37 por ciento, según la Comisión Electoral.
La gobernante coalición del centroizquierda encabezada por el Partido Social-Demócrata (SDP) del primer ministro, Zoran Milanovic, obtuvo un 31.24 por ciento, y los Laboristas Croatas (HL) un 5.86 por ciento.
Todas las encuestas previas a los comicios avanzaban un triunfo ajustado del centroizquierda.
Los doce escaños en la Eurocámara que le corresponden a Croacia quedarían distribuidos así: seis eurodiputados para los conservadores, cinco para los socialdemócratas y uno para los laboralistas.
El mandato de los eurodiputados será desde julio hasta mayo de 2014, cuando se celebren las próximas elecciones europeas en todo el continente.
La asistencia fue de sólo el 21 por ciento, lo que supone un mínimo histórico en Croacia desde que lograse la independencia de la antigua Yugoslavia en 1991.
En enero de 2012 un 66 por ciento de los croatas votaron a favor de la integración de su país en la UE, en un referendo en el que participó el 43.5 por ciento del electorado.
Algunos analistas consideran que al avanzar el recuento el resultado podría cambiar en favor del centroizquierda, ya que los primero resultados llegan de localidades más pequeñas en las que generalmente se vota a los conservadores.
La alta abstención se explica por un ambiente de apatía y desilusión por la crisis económica, además de considerar a las instituciones europeas muy alejadas de los ciudadanos, según los expertos.
Los croatas, preocupados por una crisis que ha elevado el paro hasta el 21 por ciento, han explicado su desinterés por "estar cansados de los políticos", "porque los diputados croatas no pintarán nada en el Parlamento Europeo" y porque "los comicios no cambian nada", según algunos testimonios recabados por los medios.
"Los ciudadanos no creen ya que cualquier poder, desde el municipal hasta la UE, puede ayudarles en algo", declaró al diario "Vecernji list" el analista Zarko Puhovski, que consideró que la ciudadanía "está profundamente deprimida".
"La apatía, tanto en Croacia, como en la UE" es la causa de la abstención, opinó en la pública HTV el exdiplomático Ivica Mastruko.
Por su parte, Davor Steir, un alto responsable de la HDZ, sostuvo en "Radio Croacia" que el presidente, Ivo Josipovic, se equivocó al convocar las elecciones por separado y no junto con las locales a mediados de mayo, lo que habría mejorado la cifra de participación.
La ministra de Exteriores y líder de uno de los partidos (HNS) de la coalición del centroizquierda, Vesna Pusic, consideró que la asistencia "ha sido como en otros países europeos" y que "la gente necesita más tiempo para acostumbrarse a participar en procesos políticos".
A su vez, el analista Davor Djenero explicó a la agencia de noticias "Hina" que la baja asistencia se debe también a que el mandato de los representantes croatas elegidos hoy no parece importante ya que durará menos de un año, hasta mayo de 2014.
La organización no gubernamental de promoción de derechos cívicos "Gong" considera que una de las causas de la poca asistencia es la brevedad de la campaña, de tres semanas, y el que los medios y los principales partidos no se esforzaran lo suficiente para interesar a los ciudadanos.
El SDP ha destacado en su campaña los valores europeos de respeto a los derechos humanos y del Estado del derecho, así como las posibilidades de Croacia de obtener ayuda de los fondos europeos.
La HDZ ha insistido en valores "auténticamente croatas y patrióticos" y ha culpado al gobierno de la grave crisis económica por la que atraviesa el país.