Tolokonnikova, de 24 años, abandonó un hospital de detención en la región siberaiana de Krasnoyarsk, a unos 4,000 kilómetros de Moscú, informó su esposo, Piotr Versilov, en Twitter.
Poco antes había sido puesta en libertad Aliojina, de 25 años, que estaba recluida en el campo de detención de Nishi Novgorod, en la misma región, según informó su abogado, Piotr Saikin, a la agencia de noticias Ria Novosti.
Las dos mujeres habían sido condenadas bajo el cargo de "bandolerismo" tras haber criticado a Putin durante una "oración punk" en la catedral moscovita de Cristo Salvador en octubre de 2012.
Las dos activistas fueron indultadas en virtud de una amnistía masiva decretada por Putin y aprobada la semana pasada por la Duma Estatal, la Cámara baja del Parlamento ruso. Las dos mujeres habrían cumplido su pena en marzo próximo.
Testigos dijeron que Aliojina se veía espabiliada y de buen humor cuando salió del campo de detención en Siberia. La joven mujer se reunió inmediatamente con abogados de la organización defensora de los derechos humanos "Comité en contra de la tortura".
El indulto de Putin benefició el pasado viernes también a su archienemigo Mijail Jodorkovski, quien pasó diez años en prisión. El ex magnate multimillonario y ex presidente del grupo petrolero ruso Yukos viajó de Moscú a Berlín, donde se reunió con su familia.
A diferencia de Jodorkovski, las activistas de Pussy Riot se habían negado a presentar a Putin una solicitud de indulto. El Kremlin considera tales peticiones como una confesión.
Varios políticos, artistas y defensores de los derechos humanos en todo el mundo habían exigido reiteradas veces la puesta en libertad de las dos mujeres.
En virtud de la amnistía decretada por Putin recobraron también su libertad algunos opositores detenidos durante los violentos disturbios que precedieron a la toma de posesión del presidente, el 6 de mayo de 2012.
También fueron sobreseídos los juicios contra 30 activistas de la organización ecologista internacional Greenpeace que habían sido detenidos durante una protesta contra perforaciones petrolíferas rusas en el Ártico.
Los observadores interpretan los indultos como una concesión del Kremlin para evitar un boicot de los Juegos Olímpicos de Invierno que comenzarán el 7 de febrero en Sochi. Varios políticos habían cancelado su asistencia a los juegos en señal de protesta por la situación de los derecchos humanos en Rusia.